Al ubicarse en una zona tropical, la parroquia rural Atahualpa presenta dos temporadas muy marcadas, seca y lluviosa, esto debido a la influencia que ejerce la corriente fría del Perú sobre las costas ecuatorianas, pues al tratarse de aguas frías existe menos índice de evaporación, lo cual disminuye la formación de nubes aumentando la incidencia solar y la sensación de sequedad; a esto se suma el relieve que presenta el sistema montañoso de la Cordillera Chongón Colonche, su temperatura anual oscila alrededor de los 26ºC, con pocas precipitaciones siendo una de las parroquias más secas de la provincia de Santa Elena.
Temperatura.
En la provincia de Santa Elena las variaciones diurnas de la temperatura tienen más significación que las variaciones mensuales, dada la poca diferencia intermensual de las temperaturas medias, que como máximo alcanzan los 5°C.
En la actualidad de los datos climáticos procesados por el INAMHI para la provincia de Santa Elena, han establecido los siguientes rangos de Temperatura:
a) Temperatura Media anual de 23.1°C en Salinas;
b) Temperatura Máxima absoluta: 36°C en Playas (febrero); y,
c) Temperatura Mínima absoluta: 15.6 °C en Playas (octubre).
En conclusión, podemos decir que la variación de la temperatura en la zona se mantiene estable; con muy pequeñas variaciones en los últimos años a consecuencia del calentamiento global.
Precipitaciones.
La precipitación es la cantidad de agua sea en estado líquido (llovizna y lluvia) o gaseoso (escarcha, nieve, granizo) que cae en la superficie terrestre, producto de la acción de varios mecanismos que se encargan de enfriar el aire y acercarlo a la saturación.
Para la hidrología, la precipitación es uno de los procesos meteorológicos más importantes y junto a la evaporación constituyen la forma a través de la cual la atmósfera interactúa con el agua superficial en el ciclo hidrológico del agua.
Los Océanos dictan el clima, en la parroquia Atahualpa se debe a la corriente cálida niño o cálida de Panamá se desplaza hacia el sur, provocando precipitaciones en los meses de enero a marzo, y a partir de abril hasta septiembre la precipitación disminuye debido a la influencia de la corriente fría del sur o del Perú o como normalmente se la conoce corriente de Humboldt, en los meses de octubre a diciembre se nota un leve aumento de precipitaciones.